Programa Genes Diversidade Genética

Esta obra trata de procedimentos aplicados ao estudo da diversidade genética com base em informações fenotípicas, que dizem respeito à avaliação de características de distribuições contínuas ou discretas, sendo esta última dos tipos multicategórica ou binária, ou de informações genotípicas, que são obtidas a partir de marcadores moleculares, dominantes ou codominantes.
Trata-se de um referencial teórico a ser utilizado juntamente com o aplicativo computacional GENES, que orientará e permitirá ao pesquisador o melhor aproveitamento de dados e o conduzirá a interpretações corretas dos resultados.

SUMÁRIO

Descrição do Programa
Considerações Iniciais 19
O Programa GENES 20
Arquivo de Dados 21
Fornecimento dos Dados para Processamento 22
Descrição dos Parâmetros 26
Declaração do Nome das Variáveis 27
Saída dos Resultados 28
Utilitários 32

Diversidade Genética
Considerações Iniciais 51

Diversidade entre Acessos 52
Variáveis Quantitativas 52
Variáveis Multicategóricas – classes 59
Variáveis Multicategóricas - binárias (qualitativo) 61
Variáveis Multicategóricas - binárias (quantitativo) 63
Marcadores Co-dominantes/Multialélicos 66
Marcadores Dominantes/Binários 69

Diversidade entre Populações 74
Distância Euclidiana 74
Identidade de Nei (1972) 78
Distância de Rogers 81
Distância Angular 83
Distância de Goldstein et al. (1985) 86
Distância de Hedrick 89

Diversidade dentro de Populações 91
Endogamia e Heterozigose 92
Shannon-Wiener 95
Heterozigose (Binário) 97

Diversidade entre e dentro de Populações 100
Análise Descritiva 100
Diversidade de Nei (1973) 104
índice de Fixação - Wright (Dois Alelos) 111
índice de Fixação - Wright (Alelos Múltiplos) 116
Heterozigosidade - Weir (1996) 116
Tabela de Contingência 121
ANOVA - (F, f e O)) 124
AMOVA - Excoffier et al. (1992) 127
Dois Níveis Hierárquicos - dados originais 129
Dois Níveis Hierárquicos – Matriz D² 132
Três Níveis Hierárquicos - dados originais 136
Três Níveis Hierárquicos - Matriz D² 141
Análise Binária 143

Análise Discriminante 149
Análise Discriminante de Anderson 150
Análise Discriminante Baseada em Componentes Principais 156
Marcadores Moleculares - K vizinhos mais próximos 162
Análise Discriminante a partir de Matriz de Dissimilaridade 165
Coeficiente de Parentesco 169
Análise de Agrupamento 173
Método de Otimização – Tocher 174
Métodos Hierárquicos 178
Dispersão Gráfica 184
Projeções 2D e 3D 189
Projeções 2D e 3D de Subpopulações 199
Mais e Menos Similares 203

Matrizes de Dissimilaridade 205
Correlação entre Matrizes 205
Soma de Matrizes 208

Importância de Caracteres 210
Caracteres Quantitativos Fenotípicos 210
Informações Moleculares – Manova 218

Otimização 223
Marcas Binárias 224
Marcas Multialélicas 229

Simulação 235
Simulação de Populações 235
Simulação de Cruzamentos 241
Seleção Divergente 244
Deriva Genética 248

Equilíbrio de Hardy-Weinberg 256
Co-dominante Dialélico 257
Co-dominante Multialélico 261

Desequilíbrio de Fase Gamética 264

Utilitários - Conversão e Recodificação 270

Referências 274

Autor(es): Cosme Damião Cruz